因绩效考核扣除绩效工资，是否妥当？

不妥当。绩效工资是考核后分配的工资，属奖金部分，不应与基本工资挂钩扣除。《劳动合同法》等规定，无合法依据扣工资违法，可能影响员工权益及工作积极性。
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不合法。处理方式：1.与单位沟通，了解扣除原因，要求合理解释；2.若沟通无果，收集绩效考核、工资条等证据；3.向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求恢复绩效工资并补偿损失；4.如仲裁不满，可进一步提起诉讼。
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常见处理方式为协商或申请劳动仲裁。若扣除合理且有依据，可与单位协商；若不合理，应收集证据申请劳动仲裁，以维护自身权益。